En la actualidad es profesor en la Universidad Sapienza, donde enseña:

- Fisiología y Neurociencia en el grado de Medicina y Cirugía. 
- Neuroeconomía y Neuromarketing en el grado de Psicología de la Comunicación y Marketing.
- Neurociencia Industrial en el grado de Ingeniería Biomédica.
- Bioingeniería Electrónica: aplicaciones clínicas en el grado de Biotecnología.

Además imparte Neuromarketing en el Máster en Administración y Dirección de Empresas (MBA) en la Universidad LUISS de Roma.

El profesor Babiloni es autor de más de 300 publicaciones científicas internacionales en revistas con índice de impacto y ha realizado más de 250 comunicaciones entre conferencias internacionales, resúmenes y capítulos de libros. Su índice de impacto total es de 550 mientras que su índice h es de 81.

Asimismo, forma parte de la lista de los Top Científicos Italianos, lista de los mejores 2500 científicos italianos vivos que operan en todos los campos del saber tanto en Italia como en el extranjero. Sus intereses actuales incluyen el uso de interfaces cerebro-computadora para la comunicación entre sujetos y dispositivos electrónicos y el estudio de la actividad cortical durante tareas cognitivas en seres humanos.

Además, Fabio Babiloni es editor de diversas revistas científicas internacionales como "International Journal of Bioelectromagnetism", " IEEE Trans. On Neural System and Rehabilitation Engineering” o “IEEE Trans. On Biomedical Engineering” y desde el año 2012 forma parte del Comité Asesor de IEEE-EMBS.